ישנם מספר הבדלים בין שתי אפשרויות ההשקעה:
גיוון ופיזור - קרן נאמנות מורכבת מסכום כסף גדול יותר ממרבית תיקי ההשקעות. היקף זה מאפשר גיוון ופיזור רחבים יותר.
גמישות - בקרן נאמנות, הודות להיקף ההשקעות הנרחב של הקרן, תעריפי עמלות הקניה והמכירה עשויים להיות נמוכים באופן יחסי ולכן באופן עקרוני מנהל קרן חופשי יותר ליזום פעולות השקעה, על מנת להתאים אותן למצבים המשתנים של השוק.
מס רווחי הון - בניהול תיק השקעות, כל פעולה של מכירה היא אירוע מס. כאשר ההשקעה מנוהלת באמצעות קרן נאמנות פטורה, המשקיע משלם מס רק בעת מכירת יחידות הקרן. הרווח הוא כפול: גם הדחייה בתשלום המס, וגם אפשרות התשואה הנוספת על סכום המס שטרם נוכה.